เริ่มก่อตั้งสมาคมกีฬาคนพิการคั้งแรกมาตั้งแต่ปี พุทธศักราช 2526 โดยเริ่มก่อตั้ง 3 คน คือ ศาสตราจารย์ นายแพทย์บุญสม มาร์ติน นายธีระ รมยาคมและนายสันติชัย พูลสวัสดิ์ และได้จดทะเบียนถูกต้องตามกฎหมาย จากสันติบาล กรมตำรวจ โดยใช้ชื่อสมาคมเริ่มแรก สมาคมกีฬาคนพิการไทย และนายกสมาคมคนแรกคือ ศาสตราจารย์นายแพทย์บุญสม มาร์ติน เลขาธิการคือ รองอธิบดีกรมพลศึกษา ในสมัยนั้น (นายปรีดา รอดโพธิ์ทอง) โดยการกีฬาแห่งประเทศไทยให้สมาคมใช้ ลงท้ายว่า แห่งประเทศไทยในปี พ.ศ.2531
กระทรวงการคลังได้ประกาศให้สมาคมกีฬาคนพิการแห่งประเทศไทย ได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม ตั้งแต่วันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ.2544 เป็นต้นไป
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช รัชการที่ 9 ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้ากระหม่อมให้สมาคมกีฬาคนพิการแห่งประเทศไทย ได้อยู่ในพระบรมราชูปถัมภ์ เมื่อวันที่ 6 กันยายน พ.ศ.2544
ปัจจุบันสมาคมกีฬาคนพิการแห่งประเทศไทยฯ เป็น 1 ใน 5 องค์กรกีฬาคนพิการในประเทศไทยที่ทำหน้าที่ส่งเสริมการเล่นกีฬาของคนพิการทางด้านร่างกายและการเคลื่อนไหว โดยสมาชิกสมาคม ฯ มีหน้าที่ในการสนับสนุน ส่งเสริมให้คนพิการในประเทศไทย ได้เล่นกีฬาตามศักยภาพของตนเอง ตั้งแต่ระดับพื่นฐาน พาราลิมปิกเกมส์ ชิงแชมป์เอเชีย ชิงแชมป์โลกกีฬาคนพิการ และรายการเก็บคะแนนสะสมอันดับโลกต่างๆ สมาคมกีฬาคนพิการแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ดูแลความรับผิดชอบกีฬาทั้งหมด 27 ชนิดกีฬา โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากการกีฬาแห่งประเทศไทย ภายใต้พระราชบัญญัติการกีฬาแห่งประเทศไทย ปี พ.ศ.2558 และ ผู้สนับสนุนทางภาครัฐ รัฐวิสาหกิจ และเอกชน
